O Ensino Médio da EDEM funciona de 2ª a 6ª feira com atividades no turno da manhã (7:40 às 13:10) e da tarde (14:10 às 17:50).
A carga horária das turmas de 1º e 2º ano inclui atividades de pesquisa (temas relacionados às áreas de Linguagens, Ciências Naturais e Ciências Sociais), oficinas técnicas com profissionais de áreas diversas (Editoração, Riscos e Desastres, Documentário, Fotografia) e oficinas de artes (Artes Visuais, Dança, Música, Teatro, Video), além das aulas de Língua Portuguesa e Literatura, Inglês, Espanhol, Matemática, Química, Física, Biologia, História, Geografia, Sociologia, Filosofia, Educação Física. Estas atividades se distribuem ao longo das manhãs e de duas tardes semanais (2ª e 4ª feira). De acordo com a necessidade do aluno, são também oferecidas monitorias no turno da tarde (3ª 5ª e 6ª feira).
O projeto do 3º ano é focado na orientação para a escolha profissional e na preparação para os exames vestibulares. Além das aulas regulares (2ª a 6ª feira, pela manhã e 2ª e 4ª também pela tarde), a carga horária é composta por aulas de apoio e módulos de estudos específicos voltados para as áreas de interesse dos alunos (3ª, 5ª e 6ª feira à tarde).